北京大學學生時期
傅斯年（1896～1950），山東聊城人。1913年考入北大預科。當時北大預科學制三年，分一、二兩類，一類側重文史，二類偏重數理化等自然科學，傅斯年自幼在家鄉接受了八年的傳統教育，繼承了其深厚的家學淵源，喜好國學，故他選擇了一類。傅斯年入北大之初，長得人高馬大，一付典型的山東大漢模樣，實則身體孱弱。但他天資甚高，又很勤奮，故成績優異，是校內有名的高材生。除了刻苦攻讀學業外，傅斯年還參與課外活動。1914年，他與同學沈沅等人發起組織了「文學會」，這是一個以學生為主體，以研究辭章作文，提高文學素養為宗旨的業餘團體。他們創辦了一份《勸學》雜誌，刊名由嚴復用草書體題寫而成。後來，他們在此基礎上，又進一步加以擴大，改組為「雄辯會」，該會以修繕辭令，溝通思想，提高思辨能力，鍛煉演講能力為宗旨，內分國文、英文兩部，每部下設演講、著述二科，傅斯年擔任國文部副部長兼編輯長。
傅斯年進國文門之初，頗受當時國學大師章太炎思想和人格的感染，而此時北大文科多為章太炎的門生弟子所把持。由於傅斯年在學生中出類拔萃，頗得黃侃、陳漢章、劉師培諸師的器重和栽培，他們期望這位學生日後繼承章氏學派的衣缽。周圍的同學對這位恃才傲物，舉止豪爽的高材生亦刮目相看，敬而畏之，有的同學竟稱他為「孔子以後的第一人」。據毛子水回憶：
在我看起來，他那時的志願，實在是要通當時所謂「國學」的全體；惟以語言文字為讀一切書的門徑，所以托身中國文學系。……當時北京大學文史科學生讀書的風氣，受章太炎先生學說的影響很大。傅先生最初亦是崇信章氏的一人。終因資性卓犖，不久就沖出章氏的樊籠；到後來提到章氏，有時不免有輕蔑的語氣。與其說是辜負啟蒙的恩德，毋寧說這是因為對於那種學派用力較深，所以對那種學派的弊病也看得清楚些，遂至憎惡也較深。
導致傅斯年思想觀念發生轉變的是新文化運動。1917年初，蔡元培先生主長北大，先後延攬陳獨秀、胡適、李大釗、錢玄同、周氏兄弟來北大任教，「文學革命」的風暴開始震撼著昔日寂靜而沉悶的校園。胡適在哲學系開設「中國哲學史」課程，原來擔任此課的是陳漢章老先生，他講了兩學期才講到商朝，而胡適徑直從周宣王講起，這種處理中國哲學史的作法，頗使學生們震動，「駭得一堂中舌撟而不能下」。一些學生認為這是思想造反，不配登堂講授。傅斯年在學生中有一定威信，他曾率學生將一位不學無術的教授朱蓬仙趕下講台。此次同學們又請他來聽課，聽了幾次課以後，他告訴同學們說：「這個人書雖然讀得不多，但他走的這一條路是對的。你們不能鬧。」這樣才平息了一場風波。傅斯年過逝後，胡適提及此事，無限深情地稱他是自己的「保駕人」。
傅斯年日漸敬服胡適，經常去聽他的課，甚至邀集一些同學去胡適家中「客客氣氣的請教受益」。通過深入接觸，胡適「甚驚異孟真中國文學之博與精，和他一接受以科學方法整理舊學以後的創獲之多與深」，因而非常器重這位學生。另一方面，傅斯年也越來越傾倒於胡適的思想和學問，轉向贊成「文學革命」的主張，對西書的閱讀興趣也甚為濃厚。「當時在北京大學師生中，文言文寫得不通或不好而贊成新文學的很多，文言文寫得很通很好而贊成新文學的很少。傅先生便是後一類中的一個」。傅斯年住在校內西齋四號，同室者有精心鑽研哲學和古史的顧頡剛，有專心研究辭章的狄君武，有迷戀佛經的周烈亞，大氣磅礴的傅斯年則「和他的一班不速之客的朋友羅志希等，在高談文學革命和新文化運動」。以後文學革命的旗幟，「因得孟真而大張」。
1918年10月8日，《北京大學日刊》刊登了傅斯年給校長蔡元培先生的投書──〈論哲學門隸屬文科之流弊〉。文中認為，哲學研究的材料來源於自然科學，「凡自然科學作一大進步時，即哲學發一異彩之日，以歷史為哲學之根據，其用甚局，以自然科學為哲學之根據，其用至博。」主張哲學應入理科。此文引起蔡先生的注意。他對這位高材生寄寓厚望，題詞贈曰：「山平水遠蒼茫外，地闢天開指顧中」。
這年夏天，傅斯年約集毛子水、羅家倫、顧頡剛、康白情、俞平伯等二十名志同道合的同學成立了北大學生中第一個傾向於新文化的團體──新潮社，並開始籌辦《新潮》雜誌。蔡元培、陳獨秀對他們的行動給予了熱情贊助，他們從北大每年四萬元的經費中提出兩千元給傅斯年辦《新潮》，胡適則出面擔任他們的學術顧問。1919年元旦，由傅斯年主編的《新潮》創刊號問世。在〈《新潮》發刊旨趣書〉中，傅斯年強調該刊是為了幫助青年學生「去遺傳的科舉思想，進於現世的科學思想；去主觀的武斷思想，進於客觀的懷疑思想；為未來社會之人，不為現在社會之人；造成戰勝社會之人格，不為社會所戰勝之人格。」其宗旨與《新青年》如出一轍，怪不得它的出現被視為新文化運動的又一個陣地。傅斯年還豪邁的宣告：「期之以十年，則今日之大學固來日中國一切新學術之策源地；而大學之思潮未必不可普遍中國。」
傅斯年在《新潮》上發表了四十多篇文章，內容涉及文學語言、社會政治、道德倫理、哲學歷史等領域，產生了極大的社會影響，從此他蜚聲文壇，成為北京大學一位富有魅力的學生領袖人物。
「五四」運動的策源地是北大。為抗議巴黎和會把原來德國在山東的一切權利轉讓給日本的決定，5月2日，蔡元培校長將巴黎和會上中國外交失利的消息告訴《新潮》社的羅家倫、傅斯年、康白情、段錫朋等人。5月3日晚，北大全體學生召開大會，傅斯年等新潮社同人出席了這次大會。在這次會議上，傅斯年等20名學生被推為代表，負責第二天大示威的組織事宜。
5月4日上午，傅斯年在堂子胡同國立法政專門學校主持十三校學生代表會議。該會議決定：各校代表立刻回校去集合本校同學，下午一點在天安門前集合彙集，全體抗議帝國主義在巴黎和約上關於山東問題的不公正的決定。下午，各校學生3千餘人在天安門集會，傅斯年擔任遊行總指揮，扛舉大旗，走在隊伍的前列。學生遊行隊伍走至東交民巷西門口美國使倌門前受阻，遂轉向曹汝霖的住地──趙家樓。憤怒的學生痛打待在曹家的章宗祥，火燒趙家樓，北洋軍閥派兵趕赴現場鎮壓，當場逮捕學生32人。傅斯年「是到趙家樓打進曹汝霖的住宅的」，但離開現場較早，故未被捕。當天晚上他回校時對同學姚從吾說：「這回北大損失太大了，同學被捕去好多。」
5月5日，傅斯年與一個「衝動到理智失去平衡的同學」吵架，對方將其金絲眼鏡打落了，於是他一怒之下，賭氣不到北大學生會裡來工作。這樣，傅斯年遂退出了轟轟烈烈的學生運動。
這年夏天，傅斯年畢業於北大文科國文門。談及自己北大時期的學生生活時，傅先生本人曾有一段回憶：
我在北京大學六年（預科三年，本科三年），從民國二年到民國八年。那時候學生的平均購買力比現在高得多，吃個小館，不算稀奇。我是個中產階級的無產貧家出身，但也差不多每星期跑到東安市場買肉回來吃。我在這六年中，五年住宿舍，飯食的錢，一月合四塊多錢，吃的和現在銀行下級行員差不多。我在學校的宿舍裡住了五年，最後一年因為在報上作點小文，有幾個錢，便「住公寓」去了。那時候北京大學左右的公寓不計其數，小飯鋪不計其數，買零肉的尤其不計其數。
中興北大
抗戰勝利後，北大復校。此前蔣夢麟因被任命為行政院秘書長，按有關規定，政府官員不能兼任大學校長，蔣只好去職。國民政府和蔣介右屬意傅斯年接任北大校長，並通過教育部長朱家驊轉告，傅斯年獲悉此訊，立即回信蔣介石，表示堅辭。信曰：
日昨朱部長騮先先生，以尊命見示，謂蔣夢麟先生之北京大學校長出缺，即以斯年承乏。……自知不能負荷世務，三十年來，讀書述作之志，迄不可改。徒以國家艱難，未敢自逸，故時作謬論。今日月重光，正幸得遂初志，若忽然辦事，必累鈞座知人之明。兼以斯年患惡性血壓高，於茲五年，危險逐年迫切，醫生告誠，謂如再不聽，必生事故。……抑有進者，北京大學之教授全體及一切有關之人，皆盼胡適之先生為校長，為日有年矣。適之先生經師人師，士林所宗，在國內既負盛名，在英美則聲譽之隆，尤為前所未有。今如以為北京大學校長，不特校內感俯順輿情之美；即全國教育界，亦必以為清時佳話而歡欣；在我盟邦，更感興奮，將以為政府選賢任能者如此，乃中國政府走上新方向之證明；所謂一舉而數得者也。
言詞懇切。國民政府接受了他的請求，決定任命胡適為北大校長。因為胡適在美未歸，轉推他暫時代理北大校長，並聘為西南聯大常務委員。朱家驊後來敘及此事原委：「抗戰勝利，各校復員，北京大學地位重要。我和他商量，想請胡適之先生擔任校長，他也竭力的主張。不過胡先生不能立即回國，結果，又把代理校長推在他的身上。他當時雖表示不願，但北大是他的母校，而胡先生又是他的老師，我以大義相勸，他不得不勉強答應。」傅斯年上任後，一方面面臨北大的復員問題，一方面要處理「偽北大」的遺留問題。西南聯大地處偏僻的邊城──昆明。要將數以千計的北大師生和龐大的校產從昆明搬到北平，其組織工作的難度可想而知。
傅斯年是一個民族感情極強，並極講民族氣節的人。平津淪陷時期，敵偽在北京大學舊址繼續辦學，國人以「偽北大」視之。抗戰勝利後，「偽北大」留有數千名師生無從處置。北大復員前，國民政府曾派陳雪屏去北平負責教育方面的接受事宜，陳在北平設立了補習班，收容「偽北大」學生，並徵調一批偽教職人員維持其課業。傅斯年認為文人尤其是教師，為人師表，更應保持個人名節。作為全國最高學府的北京大學尤其應做表率。因此，他於10月和12月兩次在重慶聲明，堅決不任用「偽北大」人員。認為：「專科以上學校，必須在禮義廉恥四字上，做一個榜樣，給學生們下一代看。」「偽北大」教職員在國難當頭之時為敵服務，於大節有虧，故不擬繼續錄用。北平報紙評論說他對偽職人員「有一種不共戴天的忿怒」。偽教職人員組織團體，四處遊說，請願，要求北大繼續留用，不少政府官員和朋友也出面講情。傅斯年頂住各方面壓力，堅決辭退了這批偽教職人員。不獨如此，他堅決主張嚴懲漢奸。「偽北大」校長鮑鑒清附敵有據，河北高等法院宣判他無罪，傅先生搜集鮑氏四項罪狀，向有關機關繼續抗告，表明了他對偽職人員的嚴正態度。對於「偽北大」的青年學生，傅斯年則網開一面。他認為：「青年何辜，現在二十歲的大學生，抗戰爆發時還不過是十二歲的孩子，我是主張善為待之，予以就學便利。」對「偽北大」的學生除原陳雪屏代表教育部在北平設立臨時大學進行收容外，傅斯年又派鄭天挺代表北大籌備復員，對「偽北大」學生給予了妥善安置。
傅斯年在北京大學接受和復員中，還抓緊進行學校的各項建設。他設法延攬知名教授來校任教，充實北大師資力量。他除把北大遷往南方的圖書資料和其它設施運回外，還把北大附近的相公府，東廠胡同黎元洪舊居，舊國會大廈數處力爭為北大校產。他在接受「偽北大」的基礎上，將原來的文，理，法三個學院擴大為文，理，法，工，農，醫六個學院，使北大成為門類齊全的綜合性大學。
在北大復校過程中，傅斯年面臨種種複雜的問題，其間還遇到處理西南聯大的「一二‧一」學生運動，各種事務使他身心交瘁，從他1945年10月28日給周枚蓀的信中可見一斑：
枚蓀吾兄：
惠示敬悉，盛情熱心感佩之至。弟貿然代理，半年之後，必遭天殃，有不得不與兄等約者，弟固跳火坑矣，而公等亦不當立於高峰之上，搬請以為樂也，除非大家努力，齊一步驟，此局不易維持也。北大之敵人多矣，隨時可來算帳，且此時不攘外即無以自立，此尤使弟鬥志奮發，而又不得不戒懼者也。此間事，看來與北大無關，實皆息息相關，故教育會議不得不努力，會後不得不留數日，雙十前後可到昆明，住一月再返重慶，即謀北上一看，然後再回來，身體能否得付，亦未可知也。適之先生長校，各方騰歡，宋江出馬，李逵打先鋒，有利亦有弊。
弟赴昆明日期，未能即決者，因騮先月底赴英，諸事均得與之商一大概。以便彼與適之先生面談，尤其是添院之事，弟如早到昆明，返來騮先不在，亦甚不方便也。
前需百萬元是借的，其用處已函。錫予先生，即為生病同人，有生病眷屬同人，子女不得上學之同人借用之。錫予附匯西先生，似故借若干（例如每人十萬），錫予先生或不肯自借，乞兄借付。
建設計畫，已佩佩，一切面談。
景鋮先生近來一信，另紙作復。如已行乞設法轉安。奚若兄，弟多年敬畏之友人，而立意不與弟談話，弟雖竭力設法，亦無是何。此為弟赴昆明心中一大疙瘩，盼大為一說。數年以來，「吾甚慚於孟子」，然彼必諒弟之無他也。昨雪屏示弟，奚若謂弟之辦法，有甚妙者，有甚糟者，不可悉聽，聽時有dicrimination。誠哉是言。深知我者也。
專此教安
弟 斯年 二十八日
端升兄同此不另
傅斯年代理校長僅僅一年，就使北大各方面走上了正軌。從其效率之高，進展之迅速，可見其辦事能力非常人所能比。但這一切卻使傅斯年的身體受到了嚴重消耗。1946年3月，蔣介石曾請他出任國府委員，傅斯年在其辭謝信中即寫道：「斯年久患血壓高，數瀕於危，原擬戰事結束，即赴美就醫，或須用大手術。一俟胡適之先生返國，擬即就道，往返至少三季，或須一年。今後如病不大壞，當在草野之間，為國家努力，以答知遇之隆。」信中雖有托詞的成分，但身懷疾病的確是真。朱家驊後來說：「從昆明遷回北平，再以後來的規復設施，又是一件極繁重的事情，使他身體再度的吃了大虧。」1947年1月7日傅斯年致夫人俞大彩信中云：
北京大學可以說兩頭著火，昆明情形已如上述，究竟如何自聯大脫離，大費事，正想中。而北平方面，又弄得很糟，大批偽教職員進來。這是暑假後北大開辦的大障礙，但我決心掃蕩之，決不為北大留此劣跡。實在說這樣局面之下，胡先生辦遠不如我，我在這幾月給他打平天下，他好辦下去。
1947年7月胡適回國，9月正式就任北大校長。傅斯年與他進行了交接。9月20日，北大為傅斯年卸任舉行了茶話會，「席間胡適先生對先生一年來為北大盡瘁工作，備致稱揚。教授亦相繼致詞，謂先生在西南聯合大學時代力謀恢復北大文科研究所，復員後又為北大廣延教授，增加數培之校舍，至足感謝。先生則謙稱：過去為北大辦理成功之事，百分之七十為機會，百分之三十為努力；所謂百分之三十之努力，亦為教授不辭萬里歸來之結果。」29日，傅斯年離開北平前往南京，繼續主持史語所的工作。
在主持北大工作期間，傅斯年對中國高等教育制度所存在的種種流弊有了深切的體驗，從而產生了改革教育體制的一些想法，離開北大前他發表了一篇〈漫談辦學〉。後來他去台灣擔任台大校長，又提筆寫了〈幾個教育的理想〉、〈一個問題──中國的學校制度〉、〈中國學校制度之批評〉等文。將自己在辦教育中所經受的苦痛和盤托出，特別提到「改革教育制度，不可不有新風氣，若風氣不改，一切事無從改，不止教育而已」。
一般人都對「五四」時期主長北大的蔡元培先生給予很高的評價，這自然與當時蔡先生的治校業績分不開。三十年代以後，北大歷經磨難，而蔣夢麟、胡適、傅斯年諸人苦心經營之。關於這幾位師友之間的關係，傅斯年去世前夕，曾發表一個趣談。他說：蔣夢麟先生學問不如蔡孑民先生，辦事卻比蔡先生高明。我自己的學問比不上胡適之，但辦事卻比胡先生高明。最後笑著批評蔡、胡兩位先生說：「這兩位先生的辦事，真不敢恭維。」在場的蔣夢麟補充說：「孟真，你這話對極了，所以他們兩位是北大的功臣，我們兩個人不過是北大的功狗。」這一席話算是傅、蔣兩位對自己在北大工作及其所扮演角色的形象定位。
1950年12月20日，傅斯年在台北列席省參議會時，因腦溢血猝發而去逝。哲人其萎，不亦悲乎！胡適在紀念文字中稱讚這位學人「是稀有的天才──記憶力最強，而判斷力最高」，「是第一流做學問好手，而又能組織，能治事，能做領袖人物，而又能細心辦瑣事。」在自己的朋友中，除了徐志摩、丁文江以外，傅斯年大概算是胡適最看重的人物了。
在台大發揚教育理念
傅斯年一生未離學校，除早期在北大讀書和歐洲留學的十三年外，歸國後他與教育的關係有五段：第一段是在中山大學任教（1926年12月～1928年10月），擔任文科主任和中文、歷史兩系主任。第二段是在北京大學國文、歷史兩系任兼職教授（1929～1936年初），第三段是在抗戰期間擔任西南聯大歷史系教授、北大文科研究所所長（1938～1945），並一度兼任西南聯大校務委員。第四段是代理北大校長（1945年8月～1946年8月），第五段是任台大校長（1949～1950年）。從傅斯年在中山、北大、西南聯大、台大四校的任職中，可以看出他在教育崗位上有一個顯著的特點：在特殊時期接受重要職責，其中在中大文科主任、北大代理校長、台大校長任上，他充分展現了個人的行政才幹，獲得了各方面的高度評價。即使在北大兼任教授，雖未出任重要行政職務，但他實際參與校務，且在用人、籌款方面協助校長蔣夢麟，而在抗日禦敵方面則為北平知識界的中堅人物之一。可以這麼說，民國期間大學的幾次重大變遷，都有傅斯年活動的身影。
傅斯年的談論教育主要在兩個時段：一是在二十世紀三十年代，一是在生命的最後五年，即1946年至1950年這一段。前一段面臨教育重建的任務，因而他的教育思想充滿改革的色彩；後一段隨著國民黨政權的垮台，近代教育也漸告落幕，故他著重於對中國近代新教育的反思。在清末民國時期，許多教育家抱著救國強國的目的，把教育看成是一項興國的事業去孜孜追求，傅斯年亦是如此。他們的教育活動雖有種種的限制（特別是政治的限制），但在理念上的確還有更大更高的關懷，這就是教育是關係到民族命運的興衰，教育是國家的百年大計。正如在學術上傅斯年有其民族主義的深切關懷一樣，在教育方面他也是竭盡心力為國服務。
1930年代是南京國民政府著手教育改革的一個歷史時期。由於長期的戰亂和政局動盪，中國教育受到了極大的摧殘，北方大學遭遇尤慘。面對這樣一種情勢，知識界圍繞振興教育在《獨立評論》等刊展開了熱烈討論，傅斯年是其中活躍的一員，他發表的有關文章有：〈教育崩潰之原因〉、〈教育改革中幾個具體事件〉、〈教育崩潰的一個責任問題──答邱椿先生〉、〈改革高等教育中幾個問題〉、〈再談幾件教育問題〉、〈大學研究院設置之討論〉、〈青年失業問題〉、〈論學校讀經〉、〈中學軍訓感言〉等，就改革教育（特別是高等教育）提出了自己的意見。
對於教育的現狀，傅斯年以為已「呈露崩潰的形勢」，產生教育崩潰的原因：一是「學校教育仍不脫士大夫教育的意味」；二是「政治之不安定」；三是「一切的封建勢力，部落思想，工具主義，都乘機充分發揮」；四是哥倫比亞大學教師學院的中國留學生給中國教育界帶來的美國模式不適應國情；五是「青年人之要求，因社會之矛盾而愈不得滿足」。這其中的一、二、三條不難理解，唯對推廣美國教育模式的微詞引起了來自哥大教師學院的邱椿、楊亮功的商榷，這反映了當時教育界內部留歐派與留美派兩大系統之間的矛盾，傅斯年顯然是站在留歐派這一邊。傅斯年解釋說，哥大「教師學院的中國畢業生確曾在中國民七八年以來的教育學界占一個絕大的勢力，而其成績我們似乎不敢恭維」。「這般教育學家高談測驗，教學，行政，心理等等，似乎花哨的很，而於教科究竟應該怎麼樣，學生的知識如何取得，如何應用，很少聽到他們的議論，尤其少見他們的設施。」也就是說，哥大教師學院畢業的中國留學生推廣美國教育模式未能對改變中國的教育現狀產生預期的成效，這是他的不滿意之處。
傅斯年提出教育改革的途徑為：（一）「全國的教育，自國民教育至學術教育，要以職業之訓練為中心」；（二）「全國的教育要有一個系統的佈置」，不能放任自流；（三）「教育如無相當的獨立，是辦不到的」。保障教育獨立的辦法包括：應當確保教育經費獨立，嚴格審定校長教員教授的資格，設立視學監督、考核地方教育業績；（四）中國教育的腐敗是上自教育部起，故改革也要自上而下；（五）教育當局要為有才學的窮學生統籌安排。這些意見最引人注目的是對教育部的批評和要求教育獨立。以此為思路，傅斯年設想教育改革必須自上而下。
平情而論，教育至有今日之敗壞，還不都是歷年來中央及地方上教育當局（校長在內）的責任，還是怨不到學生身上的。果然教育部能建設的像個樣子，而對於大學校長教育廳長之人選慎重將事，中國教育未必即無辦法。所謂教育部建設得像個樣子者，須得有認識，有方針，有技能。
具體到高等教育，傅斯年以為高等教育為學術教育，傳統的高等教育「只有國子監及各地書院」，「國子監只是一個官僚養成所」，書院尚有「自由講學」或「作些專門學問」的可能。清末教育改革將書院關門，在傅斯年看來，這是「當時的失策」，「書院可存，而書院中之科目不可存」。民初至三十年代，中國大學雖有發展，「仍然不是一個歐洲的大學」，「今之大學制度仍不能發展學術，而足以誤青年，病國家。」基於此，傅斯年提出高等教育的改革：第一、「大學教育不能置之一般之教育系統中，而應有其獨立之意義」。第二、「大學之構造，要以講座為小細胞，研究室（或研究所）為大細胞，而不應請上些教員，一無附著，如散沙一般」。第三、「大學以教授之勝任與否為興亡所繫，故大學教授之資格及保障皆須明白規定，嚴切執行」。把大學獨立，大學的學術化和大學教授資格考核的制度化作為現有大學改革的重點。當教育部公佈了《大學研究院暫行組織章程》後，各校也紛紛上馬設立研究院，對是否應辦理研究院，傅斯年表達了審慎的保留，其理由是「一、大學之有研究組織是歐洲大陸上創始的風氣，而英國是很後些時，受大陸的影響而變成的。」「二、大學中之研究院，與獨設之研究院，如中央研究院等，及其同樣的研究機構如地質調查所等，就處境論，各有其不便處。大學之研究院有不及專作研究院機構之便當處甚多。」三、「目下大學多不甚需要一個大學本科以上的階級，若必設研究院，當以訓練本科高級學生為主，至少此一事與招收之研究生應同等的重視」。看得出來，傅斯年並不主張盲目擴張大學，他的高等教育改革思路是將歐洲的經驗與中國的高等教育現狀相結合。
在三十年代，與教育相關的一個問題是尊孔讀經，它在知識界引起了廣泛的討論。1934年7月國民黨第四屆中央執行委員會第128次會議通過《先師孔子誕辰紀念辦法》，規定8月27日為「孔子誕辰紀念日」；這一天各地政要紛紛出面搞所謂孔誕紀念的「大典」活動，尊孔祀孔，提倡讀經；章太炎也以國學大師的身份，從1935在4月起在蘇州章氏星期講演會上大講「論讀經有利而無弊」。針對這樣一股復古思潮，新文化運動的主要代表如蔡元培、胡適、魯迅等挺身而出，撰文反對讀經。蔡元培認為「經書裡面，有許多不合於現代事實的話，在古人們處他們的時代，不能怪他，若用以教現代的兒童，就不相宜了。」「所以我認為小學生讀經，是有害的，中學生讀整部的經，也是有害的」。胡適指出自古以來，「孔子是年年祭的，《論語》、《孝經》、《大學》是村學兒童人人讀的，還有士大夫講理學的風氣哩！究竟那每年『洙水橋前，大成殿上，多士濟濟，肅穆趨蹌』。曾何補於當時的慘酷的社會，貪污的政治？」魯迅提到現代中國的三個軍閥袁世凱、孫傳芳、張宗昌「都把孔夫子當作磚頭用，但是時代不同了，所以都明明白白的失敗了」。從當時的歷史背景看，這實際上為新文化運動的主流派同反對派以及國民黨官方意識形態之間在如何處理儒學問題上的一場鬥爭，它是「五四」新文化運動的繼續。傅斯年站在新文化運動主將們這一邊，也發表了〈論學校讀經〉一文，詳列了反對讀經的理由：從歷史上看，一、「中國歷史上的偉大朝代都不是靠經術得天下造國家的，而一經提倡經術之後，國力每每衰落的」。二、「當年的經學，大部是用作門面裝點的，詞章家獵其典語，策論家壯其排場，作舉業的人用作進身的敲門磚」。三、「漢朝的經學是漢朝哲學，『以春秋折獄』，『以三百篇當諫書』，哪裡是春秋三百篇之所有的事？漢朝的儒生自有其哲學」。從現實生活看，第一、「現在中小學的兒童，非求身體健全發育不可，所以星期及假日是不能減的，每日功課是不能過多的」。讀經徒增加功課時間，於學生身心無益。第二、「經過明末以來樸學之進步，我們今日應該充分感覺六經之難讀。漢儒之師說既不可恃，宋儒的臆想又不可憑，在今日只有妄人才敢說《詩》《書》全能瞭解，有聲音文字訓詁訓練的人是深知『多見闕疑』『不知為不知』之重要性的。」所以一方面「中小學課程中『排不下』這門功課」，一方面也「教不成」他。傅斯年的這篇文章在當時激起了迴響，胡適作〈我們今日還不配讀經〉對他的意見大表贊同，也認為「在今日妄談讀經，或提倡中小學讀經，都是無知之談，不值得通人的一笑」。
考察三十年代傅斯年的教育思想，他的重點是在大學教育體制，尤其是圍繞大學獨立、大學的學術化而展開。他反對中國盲目照搬美國的教育模式，而又比較傾向於歐洲普魯士、法國的教育制度；他不滿於中國教育行政當局的無能，希望對之進行切實的整頓和改革，「把教育部建設成一個有技術能力的官廳」；他宣導教育獨立，要求確保教育經費的獨立和對學校校長、教育廳長任命的嚴格審核；他注重對中國教育現狀的體察，強調按照中國教育的實情制定政策。這些都是他在設想各項政策時所持行的基本原則。大體來說，他的基本思路，如要求教育獨立，反對讀經，與蔡元培、胡適基本一致；至於具體的改革政策，如大學研究院的設置不宜單立一層次，中小學課程的設置要少而精等意見，則屬於個性化的條陳建議，其中有些意見也並不成熟。
當時知識界還發生過一場爭論，這就是中西醫之爭，它雖與教育無關，但也是中西文化論戰的一個重要內容，傅斯年是這場論爭中的一個主角。在西醫向中國輸入的過程中，曾經圍繞中西醫的優劣，近代中國學界、醫界有過一番激烈的辯駁。許多新派人物普遍抱有一種排斥傳統中醫的傾向，有過學醫經歷的孫中山、魯迅貶斥中醫即是典型的例子，傅斯年也是如此。他發表了〈所謂「國醫」〉、〈再論所謂「國醫」〉、〈答劉學濬「我對於西醫及所謂國醫的見解」〉等文章，對中醫表現了極大的偏見，自稱「我是寧死不請教中醫的，因為我覺得若不如此便對不住我所受的教育。」這樣的話很難說出於理智，或具有科學的成分。它是新文化運動的反傳統、反國粹的這一傾向在醫學領域的極端表現，它反映了新文化運動偏激和不成熟的一面。以今天人們認識中醫的水準來衡估，它可以說不僅是一種偏見，且極其錯誤。但它出自篤信科學的傅斯年之口，在當時具有很大的影響力。據左舜生回憶：
有一問題，原與政治無直接關係，與抗戰更是風馬牛不相及，可是每次參政會開會，幾乎總要大鬧一場，照例又鬧不出結果，便是中西醫之爭。袒中醫者，以孔庚為首領；袒西醫者，以傅斯年為巨擘；彼此各執一辭，咻咻不已，一定要吵得面紅耳赤，才以不了了之。我細想，像這樣一個問題，何以會提到一個研討政治軍事的機構裡面來辯論呢？我假定的答案是這樣的：所謂中西醫之爭，確乎不是一個簡單的問題，而是由於中西思想根柢上有了絕對不同的差別，乃形成兩種絕對不同的醫病方法，辯論者表面上是在爭西醫，實際上卻是各自在擁護自己思想上的立腳點，所以才爭得那樣起勁。……現在我回想他們兩位在當時參政會的聲音笑貌，覺得他們都是很認真而極可愛的人物。
羅家倫在回憶中也提起這一件事，這是新文化派在反傳統路線上走向極端的一個例證。雖因時間的推移，它的影響力早已完全消失，但其中蘊藏的教訓，仍值得人們吸取和總結。
抗戰勝利後，百廢待興，然國共兩黨的內爭打破了人們對和平的期待，將中國重新引向了戰爭的漩渦。本來新教育為抗戰的愛國主義精神提供了重要資源，在抗戰兩周年之際，傅斯年即充分肯定這一點：
這裡所謂新教育，專自清季以來之新制而言，尤其著重在五四以來之開明運動，近幾年中之民族主義教育。在今天，回想我們在小學時代──清光緒末年──真正是兩個世界了。現在的青年，以考上空軍學校，炮兵學校為榮，尤其是在好家庭中之青年，有此志願，至於一般老百姓，愛國心之發動，更可以看出時代的轉變。誠然受者尚有不少的人去做漢奸，可見在教育上還要努力。但是以百分比例算去，可見目下的局面出在二十年前，或十年前，漢奸要多好些倍。
抗戰時愛國青年顛沛流離，內戰中整個教育又毀於戰火，這場慘局不能不使教育界的人士痛惜。傅斯年晚年一方面承受心血管病的煎煞，一方面擔負沉重的行政工作。在即將卸任北大代理校長時，他深感有必要對學校大加整頓，在〈漫談辦學〉一文中表達了這種焦慮。「現在全國學校在病態中，是無可諱言的。造成這個苦境的因素，當然原因不一，有的屬於政治，有的屬於經濟，有的屬於時代的動盪，但也有不少由於教育行政和學校當局的措施。誠然，在政治不上軌道，經濟瀕於崩潰的情況中，辦學是很不容易的，但這並不能作為學校當局不努力，不盡責任的理由。」為此，他特別呼籲：「政府應盡政府的責任」，「學校當局應盡學校當局的責任」，「學校必有合理的紀律」，「學校必有良好的學風」。但隨著內戰的進行，傅斯年的些想法不僅沒有實現，教育的境況反而越來越壞。
1949年1月傅斯年走馬上任台大校長。他一方面應對繁忙的學校行政工作，力圖在當時混亂、動盪的時局中為台大師生謀求一片清淨的學術教育園地；一方面反思近代中國新教育走過的路程，總結在中國建立現代教育制度的歷史經驗。國民黨在大陸的失敗，有人將之歸罪於教育。對此，傅斯年不同意這種看法：「教育確不曾弄好，教育界的人也未曾盡其最大責任，這話是對的，若說一切禍害都出於教育界，是不能服人之心的。教育影響政治，遠不如政治影響教育，歷史告訴我們如此。」「事實和理想」的矛盾刺激他的思想，他原打算系統總結自己的高等教育思想，寫作一冊《大學理想》的書，終因事忙和猝然去世而只留下幾篇文章。傅斯年在台大期間發表的研究教育的這組文章，如〈幾個教育的理想〉、〈一個問題──中國的學校制度〉、〈中國學校制度之批評〉，加上一批討論台大體制改革的文章，是他生命最後兩年的文字，故也可以視為他積一生教育經驗的心血之作。
傅斯年晚年辦教育的理想境界是「平淡無奇的教育」、「性品教育的初步」、「公平」。他以老子「善用兵者，無赫赫之名；善治國者，無赫赫之名」來說明辦學的常規之道。這顯然是基於他在大陸的經驗教訓，由於他個人的顯赫聲名，無論做什麼事都是轟轟烈烈，因此也招來不少的嫉妒、攻訐，弄得他疲於奔命，精疲力竭。傅斯年晚年傾向於低調做實事，故開首即以「平淡無奇的教育」來表明自己的辦學之道。
由於長期的社會動盪使得學校也變得風雨飄搖，故傅斯年強調學校需要法治的重要性，這是因為「學校沒有法治，不能上軌道」。而法治的第一要義是公平。「公平的第一義，是凡同樣的人在一切法律或規則上平等」。正是從這一理念出發，他在台大大力推行管理、教學、後勤各項制度的建設。
傅斯年晚年對大學意義的理解越來越明晰，從大學目的看，「辦大學為的是學術，為的是青年，為的是中國和世界的文化，這中間不包括工具主義，所以大學才有他的自尊性。這中間是專求真理，不包括利用大學作為人擠人的工具。」為此，他還特別對作為中國的台灣大學與光復前的日本的台北帝國大學加以區別，「台灣省既然回到祖國的懷抱，則台灣大學應該以尋求真理為目的，以人類尊嚴為人格，以擴充知識，利用天然，增厚民生，為工作目標。所以這個大學在物質上雖然是二十多年了，在精神上卻只有四年」。為鼓勵、鞭策台大師生，傅斯年提出以「敦品、勵學、愛國、愛人」八字作為治校方針。從大學職能看，（一）「大學萬萬不可揉雜職業學校的用意」。（二）「大學以學術為本位，專科是以應用為本位」。（三）「大學的教學必然與專科學校大不同」。（四）「大學的資格除在大學或研究機關外，不應優於專科」。他對大學的學術與教育之間的關係也有了明確的定位：
大學是學術機關，他的教育的作用是從學術的立點出發，不是掉轉過來，他的學術的作用是從教育的立點出發，換句話說，大學是以學術為中心，而用這中心發揮教育的力量，不是以教育為中心，而從這中心發揮學術的力量。
如何總結近代中國教育制度的利弊得失，這是一個重大課題。傅斯年在對近代中國教育照搬外國模式造成的失誤所作深刻檢討的基礎上，結合中國傳統教育思想和西方近代教育思想（主要是歐洲大陸的教育理論），結合中國教育現狀的實際，對中國教育結構及其教育制度作了新的設計。傅斯年晚年傾注的主題是教育制度本身的建設，他強調誠品教育、學術教育、能力教育、公平教育、國民教育，這些都屬於教育的常規問題，這反映了他本人對教育走上正常軌道的渴望。在中國處於新的轉折關頭的歷史時刻，這樣的思考不僅難能可貴，且極其必要。傅斯年晚年所作的思考，可以說開啟了對這一問題的探討。限於當時的環境和他自身的條件（主要是身體和精力），他的思考只能說是初步的，但它畢竟具有建設性的意義。今天我們研讀他留下的這些遺作，對我們回顧、總結百餘年來中國新教育的歷史經驗，應能得到不少的啟示。
傅斯年任台大校長不足兩年，他以「沒有看法，只有做法」來表示自己低調做實事的決心，處變不驚，亂中求治，在他的領導下，台大很快成為台島凝聚知識界力量的一個新的中心。據他自述：「第一學期應付學潮，第二學期整理教務，第三學期清查內務，不查則已，一查則事多矣！報上所載，特少數耳。以教育之職務而作此非教育之事，思之痛心，誠不可謂為努力，然果有效否？不可知也。思之黯然！」繁忙的工作對他本已虛弱的身體造成了嚴重的損害，以至倒在這一工作崗位上。傅斯年去世後，台大師生為繼承傅斯年的遺志，以他所題「敦品、勵學、愛國、愛人」為校訓，鑄「傅鐘」，修「傅園」，編輯、出版《傅故校長哀挽錄》、《傅孟真先生集》，表達台大人對傅斯年的深切懷念。傅斯年在台大的時間雖短，但他那努力奮進的拼搏精神給台大師生留下的深刻印象，絕非前後任何一屆校長所能比。誠如有的論者所指出：「台大校史上，孟真先生雖非創校校長，但在常規及制度之設立上，恐無人能出其右。」傅斯年是真正的台大之父！
奠定東方人文學科學術研究基礎
傅斯年長期擔任學術行政工作，又沒有大部頭的學術著作問世，故使人很容易忽略他的學術成就。著名宋史學者鄧廣銘先生說：
凡是真正瞭解傅先生的人都知道，他的學問淵博得很，成就是多方面的，影響是深遠的；他對中國的歷史學、考古學、語言學所作的貢獻是很大的。……可以說，中國沒有個傅孟真，就沒有二三十年代的安陽殷墟發掘；沒有當初的殷墟發掘，今天的考古學就完全是另一個樣子了。
我們不能用著作多少來衡量一個人在學術上的貢獻。即如傅先生關於中國古代史的文章，幾乎每一篇都有其特殊的貢獻，都具有開創性的意見和里程碑性的意義。
這一評論旨在說明對傅斯年的學術成果不宜以多寡來衡估，而應以其在整個學科中所發揮的影響力來估價。誠如鄧先生所說，即以傅斯年領導並大力推動的安陽殷墟發掘這一項工作所取得的成果和國際影響來說，其對中國歷史研究的貢獻，就足以奠定他在中國歷史學、考古學中的地位。
傅斯年的學術成就主要表現在兩個專題上，一是上古史研究，這方面的力作即是《民族與古代中國史》的系列研究論文，一是哲學史研究，這方面的代表作是《性命古訓辨證》。傅斯年本人非常重視這兩部作品，1947年，中央研究院辦理第一屆院士選舉，作為候選人之一，他提出的代表作即為〈夷夏東西說〉和《性命古訓辨證》。下面我們對傅斯年的學術成就分別加以述評：
《民族與古代中國史》系列研究：民國初年，民族史在上古史研究中「最有成績」。劉師培在〈偃姓即嬴姓說〉中證明熊盈偃嬴依為一姓的分化；王國維依據甲骨文和書面材料論證了殷以前的帝王宅京皆在東方，只有周獨崛起於西土；徐中舒的〈從古書中推測之殷周民族〉一文說明「殷周非同種民族」。傅斯年在他們的基礎上，又將此研究向前推進了一大步。陳槃先生憶及傅斯年上古史的研究情況時說：「孟真先生曾擬作《古代中國與民族》一書，遺稿已成大半，尚未整理。這是一個偉大的著作，差不多牽涉到全部中國的古代歷史，所以孟真先生對於古代中國歷史的材料搜集也特別多。並且他也隨時有寶貴的意見。這一類的材料在《集刊》中發表過的，例如〈周頌說〉（附論魯南兩地與詩書之來源），〈大東小東說〉、〈姜原〉、〈周東封與殷遺民〉、〈夷夏東西說〉，都是屬於這一個範圍以內的著作。」除了陳先生所提上述五篇之外，何茲全先生還提到了〈論所謂五等爵〉一篇，也應歸入該書。如從內容上看，他在同期寫作的〈《新獲卜辭寫本後記》跋〉與此主題亦相關。這七篇作品構成一個系列，確是上古史研究的的上乘之作。著名考古學家張光直先生對傅斯年的上古史研究作了高度評價，他說：
傅先生是一個歷史天才，是無疑的；他的《夷夏東西說》一篇文章奠定他的天才地位是有餘的。這篇文章以前，中國古史毫無系統可言。傅先生說自東漢以來的中國史，常分南北，但在三代與三代以前，中國的政治舞台，在河、濟、淮流域，地理形勢只有東西之分，而文化亦分為東西兩個系統。自傅先生夷夏東西說出現之後，新的考古資料全都是東西相對的：仰韶──大汶口，河南龍山──山東龍山，二里頭（夏）──商，周──商、夷。傅先生的天才不是表現在華北古史被他的系統預料到了，而是表現在他的東西系統成為一個解釋整個中國大陸古史的一把總鑰匙。
何茲全先生在談到傅斯年未完成的《民族與古代中國史》一書的系列文章時也表示：「就這五篇已發表的篇章來看，篇篇都有精意，篇篇都有創見──獨到的見解，篇篇都是有突破性、創始性的第一流的好文章。就這一本未完成的書之已完成的幾篇文章，已足以使傅斯年坐上二十世紀中國史學大師的寶座，享有大師榮譽。」
中國哲學研究：傅斯年對哲學研究素有濃厚興趣。早在學生年代，就作有〈對於中國今日談哲學者之感念〉一文，表達了對哲學深切的理解，他以為「哲學不是離開科學而存在的哲學；是一切科學的總積。」「哲學也不是抽象的學問，他的性質也是具體的。」「哲學是一個大假定（Hypothesis），──一群假定的集合。」「歷來的哲學家有兩種趨向：一、以知識為前提，二、以人生為前提。」他比較傾向於後一類，「一切的科學都是應生物學上的自然要求而出；一切的知識都是滿足人生的手段（Means）；一切的行為，都是發揮人生的動機。」其對哲學的理解明顯受到了胡適及其實驗主義思想的影響，而與具有玄學意味的另一系哲學家張君勱等人產生了分野。他投書蔡元培先生〈論哲學門隸屬文科之流弊〉，列舉了中西哲學之歧異：「中國人研治哲學者，恆以歷史為材料；西洋人則恆以自然科學為材料。考之哲學歷史，凡自然科學作一大進步時，即哲學發一異彩之日。」鑒於哲學與自然科學的密切關係，他主張哲學應入理科。
歸國後傅斯年系統研究先秦諸子思想，這方面他正式發表的論文只有〈戰國文籍中之篇式書體──一個短記〉，另留有經人整理的書稿──〈戰國子家敘論〉，這兩文實構成一個系統。其主題是發揮他個人的一個看法：「哲學乃語言之副產品」，「漢語實非哲學的語言」，「戰國諸子亦非哲學家」。這是他早在留德時期就已醞釀的觀點。為此，他討論了諸子與職業的關係，儒與諸子的關係，墨家反對儒家，《老子》一書的宗旨，齊秦兩派政論，所謂「雜家」諸問題，其中提到胡適的〈諸子不出於王官論〉一文「其論甚公直，而或者不盡揣得其情」。「謂之不盡揣得其情者，蓋諸子之出實有一個物質的憑藉，以為此物質的憑藉即是王官者誤，若忽略此憑藉，亦不能貫徹也」。由此不難看出，傅斯年寫作此著的本意已欲在胡適的《中國哲學史大綱》之外，另尋一條探討先秦思想史的路子，這一想法終在後來完成的《性命古訓辨證》中得以實現。
《性命古訓辨證》是從1936年夏「試寫」，至1938年2月定稿交付出版。它在中國首開「以語言學的觀點解釋一個思想史的問題」的實例，全書分三卷，上卷「大體以先秦遺文中『生』、『性』、『令』、『命』諸字之統計為限，並分析其含義」；中卷「疏論晚周儒家之性命說」；下卷論「漢代性之二元說」和理學之地位。顧頡剛先生在總結專題的哲學史研究成果時，將《性命古訓辨證》與郭沫若的《先秦天道觀之進展》並列，稱兩書「均用最新的方法，以甲骨文金文典籍為材料，而敘述先秦時代的中國哲學。二書取徑全同，其成就可謂突過前人。」陳榮捷先生在回顧清末民國這一段儒家的沒落與價值重估過程時，又將傅斯年的《性命古訓辨證》與胡適的《說儒》並列，稱他倆的研究「顯示了一種客觀與建設性研究的趨勢」，這種趨勢中的一個重要發現便是「孔子真正宗教地位之發現」。「胡適的理論完全來自大家所熟悉的文學之中，而傅的研究則是以新近發現的甲骨文為依據。他的《性命古訓辨證》是公認當時那十年以來很傑出的漢學作品。」「傅的詮釋是相當可信的，因為他同時擁有文學的證據與歷史的事實。他的結論大體上和胡適的結論是一致的；也就是說，孔子既非只是一個舊宗教的傳襲者，亦非一個新宗教的創立者。」胡適曾在台大版《傅孟真先生集》出版後，兩度去信希望楊聯陞寫一書評，楊聯陞回覆胡適，陳榮捷的《現代中國的宗教趨勢》（Religion Trends in Modern China）「對傅孟真先生《性命古訓辨證》大旨已有介紹」。胡適可能後來看到了陳的上述評論，但意見頗有保留，他給楊聯陞的信對此有所流露：「《性命古訓辨證》一書，我今夜讀一遍，頗不滿意，其下篇尤『潦草』，則自序中已言之。實則上中兩篇也只夠一短文。當時在戰禍中，他又太忙，故此書頗不能使人滿意。」有了胡適這一段話，楊聯陞的評論自然就更不好作了。
中國古代文學史研究：傅斯年留下了兩部未刊的講義稿──〈中國古代文學史講義〉、〈《詩經》講義稿〉。
早在五四時期，傅斯年就提出了中國古代文學史分期四期說：「一、上古。自商末至戰國末葉。二、中古。自秦始皇統一至『初唐』之末。三、近古。自『盛唐』之始至明中葉。四、近代。自明宏嘉而後至今。」此說實為針對劉師培的《中國中古文學史講義》而發，劉當時在北大講授「中古文學史」一課，其所謂「中古」大體是自「建安」至唐一段。
傅斯年在中山大學任教時，開設了「尚書」、「古代文學史」、「陶淵明詩」、「心理學」等課程，為此他動手寫作〈中國古代文學史講義〉。現留存的〈中國古代文學史講義〉稿本，原擬「起於殷周之際，下到西漢哀平王莽時。別有補講若干篇，略述八代時新的方面，和唐代古今文學之轉移關鍵。」現在整理出來的稿子，比原來的「擬目」內容要少得多。據1930年8月30日傅斯年給胡適的信說：「這次回來大用功，完全不出門，下午睡覺，徹夜用功（讀書收材料），這樣下去，文學史明年有了，《赤符論》後年也有了。」傅斯年本是有意要寫一部中國文學史。後來他在北大兼課時，在國文系亦上過「中國古代文學史」一課，其內容與他在中山大學的「擬目及其說明」大致相同。即「（1）自殷周至漢末文籍之考訂及分解；（2）同期中詩文各體之演進；（3）同期中文學與政治社會之相互影響；（4）同期中文學在後代之影響。」對於傅斯年留下的這部未完成的〈中國古代文學史講義〉，胡適以為有其思想的價值：
這是一部了不得的著作。我們知道，凡是一個大的思想家，往往撒出許多種子；有些種子掉在石頭上被人踏碎了，有些種子撒在肥沃的泥土上，有了生命，就發生了力量。
他說：中國一切文學都是從民間來的，同時每一種文學都經過一種生、老、病、死的狀態。從民間起來的時候是『生』，然後像人的一生一樣，由壯年而老年而死亡。這個觀念，影響我個人很大。說到這個觀念，我們常常想起孟真貢獻最大的就是他的思想。中國文學無論是小說、詞、曲、詩，都是來自民間，慢慢的才跑到上層，影響到士大夫階級。但到了士大夫手上以後，就慢慢的老了、死了。這個觀念，曾經在他的《中國文學史》撒下許多有價值的種子。我相信這些種子將來還可以繼續在中國文學史方面發生影響。
胡適自己在《白話文學史》中也強調的表現這種「一切新文學的來源都在民間」的見解，看來這是他倆那時的共識。
對於《詩經》的研究，傅斯年用力較早。早在1919年4月，他在《新潮》上就發表了〈宋朱熹的《詩經集傳》和《詩序辯》〉一篇書評。這篇文章首次從文學的角度考察《詩經》的價值，提出孔子刪詩的標準「只靠著文學上的價值」，打破以往學者「都說他是孔子刪定的《經》，其中『有道在焉』，決不是玩物喪志的」習慣說法。《詩經》給人啟示的「教訓」是「真實」、「樸素無飾」、「體裁簡當」和「音節的自然調和」。他推重朱熹的《詩經集傳》和《詩序辯》兩書，主要是其能「拿詩的本文講詩的本文，不拿反背詩本文的詩序講詩的本文」；「很能闕疑，不把不相干的事實牽合去」；「敢說明某某是淫奔詩」。這都是頗具見地的看法，它是新文學史觀在《詩經》這一領域的個案體現。
「五四」以後，儒學意識形態基本解構。作為經學的《詩經》理所當然也受到了衝擊，代之而起的是從文學、史學、語言學、民俗學等角度研究《詩經》。傅斯年所作的〈《詩經》講義稿〉反映了時代的這一變化。他回顧了自西漢至明代的《詩》學發展史，在此基礎上提出研究《詩經》的新態度：「一、欣賞他的文學；二、拿他當一堆極有價值的歷史材料去整理；三、拿他當一部極有價值的古代言語學材料書。」並以此態度對《詩》的三個部分（周頌、大小雅、國風）從時代、文辭、文體等方面作了細緻的考察。傅斯年原打算寫成一部〈《詩經》新論〉，惜未成定本。即使如此，現在留下的這部〈《詩經》講義稿〉在「五四」以後的《詩經》學史上仍有其重要的文獻價值。
明清史研究：傅斯年在明清史研究方面曾有過相當的積累和準備，對推動明清史研究也發揮了相當重要的作用，這一點近來已有學者給予論證。
1928年9月，傅斯年就任史語所所長伊始，即提出要收買天津李盛鐸所藏的明清檔案。此前盛傳李盛鐸欲將此批檔案賣給日本「滿鐵公司」，聞此消息，傅斯年於1928年9月11日立即給蔡元培先生去信，希望以中研院名義買下這批檔案。此事得到蔡先生的支持，經馬叔平先生與李接治，最後中研院以兩萬元購得。1929年5月史語所由廣州遷至北平後，正式接收了這批檔案，並將其存於歷史博物館午門西翼樓為堆存整理之所。此批檔案的購得不僅搶救了祖國的歷史遺產，而且為明清史研究提供了最重要的原始材料。1929年9月底，由傅斯年與徐中舒設計，招雇書記六人，工人十九人，共二十五人開始整理。1930年10月減至十一人，1932年年終又減至三人，最後只留一人負責保管。在這一過程中，傅斯年是明清大內檔案整理的主要領導者。
傅斯年介入明清史研究的另一項工作是擘劃明清史料整理。1930年9月，史語所發刊《明清史料》，該刊之詳名應為「國立中央研究院歷史語言研究所編刊明清內閣大庫殘餘檔案」，此工作由傅斯年親自主持並推動，具體工作則由李光濤等負責。傅斯年在〈《明清史料》發刊例言〉中對工作方法、工作範圍做了詳細說明。「此刊之史料，大致在明清之交。蓋啟禎以前之檔案不存，雍乾以後之政事移至軍機處也。」該刊第六條規定「明清兩代公文程式，宜別編一書，影印成之，不以入此。」第七條說明「此刊題奏，書，啟，揭帖，示，諭等名，皆各件固有者，編印時所表題目，僅在各件原名上加銜名，人名，凡與內容方面，概不涉及，以免冗繁。」每本百頁，每編十冊。自乙編以後，編輯方針稍有調整，「初以為凡既刊入清代官書之文件宜不編入。然如此律之既久，亦覺其終不能實行，蓋清代官書至多，為一疏一牘而遍檢之，所收穫者不值勞費。」「本所所藏此項檔案，以關於清『三法司』者為最多。此本非狹義之史料，故甲編與乙編中皆未採入。然此項檔實法律史社會史之絕好資料，應付編印，以資流傳。」到1948年，《明清史料》已出甲乙丙丁四編，共四十冊。史語所遷台後，又續出了戊、己、庚、辛、壬、癸六編，凡六十冊。《明清史料》的出版對推動明清史的研究，無疑起了重要作用。傅斯年推動的另一項明清史料整理工作是《明實錄》的整理，據勞幹回憶：「歷史語言研究所曾經有系統的整理《明實錄》。《明實錄》的整理是孟真先生首先注意到的，搜集了七種本子來校，並且經過故李晉華先生的用心整理，大致已經有頭緒了，因為經費問題，尚未付印。」此書1963年開始陸續出版，至1967年完竣。
在整理《明實錄》的過程中，傅斯年「對於明史曾經下過很深的功力」，他發表了〈明成祖生母記疑〉一文，推論成祖生於碽妃，養於高後，此文在學術界引起了熱烈討論，朱希祖發表了對傅文的不同意見，吳晗、李晉華則基本附和傅斯年的觀點。為此，傅斯年又以〈跋〈明成祖生母問題匯證〉並答朱希祖先生〉一文作了回應。李光濤有關明史的若干論文亦經他指導，「孟真先生對於明清史事，如明太祖的生平，明代後妃的教育與儲嗣文化標準問題，孝欽皇后與清季變法問題都曾經很詳細的對同人說過」。在目前史語所保存的「傅斯年檔案」中，還存留一份傅斯年手書的《明書三十志》的目錄，這是他約鄭天挺合作的計畫。鄭天挺先生晚年對此事亦有回憶，傅斯年主持北大文科研究所時，「對研究明史有興趣」，1939年夏，「在一次閒談中，傅說要纂輯《明編年》及《明通典》，我說想別撰《明會要》，而毛子水教授勸我編輯《續資治通鑒》續集。過了幾天，傅又來找我，勸一起搞個東西，不叫《明通典》和《明會要》，而叫《明書》。遂共同擬二十四目。後來傅斯年又將二十四目增為三十目。」原計劃五年完成，後來因為戰爭緊迫，事務冗雜，傅斯年遷往重慶，計畫擱淺。傅檔中還留有一封吳晗給傅斯年的信，內中擬有他欲寫的《朱元璋傳》的目錄，請傅指正。傅斯年在明史方面的素養，得到行內人士的推重。
東北史研究：1932年10月傅斯年出版了《東北史綱》第一卷。此套書原計劃由傅斯年（古代之東北）、方壯猷（隋至元末之東北）、徐中舒（明清之東北）、蕭一山（清代東北之官制及移民）、蔣廷黻（東北之外交）五人合作編寫，其中僅第一卷（上古至隋以前）出書。這部書的宗旨意在批駁日本學者矢野仁一所散佈的「滿蒙在歷史上非中國領土」論，以歷史證明日本佔領東北，成立偽「滿洲國」之非法。故開首即明確「依國法及國際公法之意義」和「依民族自決之義」，「東北之為中國，其意義正如日月經天者爾！」「歷史之談，本不相干。然而即就歷史以論，渤海三面皆是中土文化發祥地。遼東一帶，永為中國之郡縣；白山黑水，久為中國之藩封。永樂奠定東北，直括今俄領東海濱阿穆爾省。滿洲本大明之臣僕，原在職貢之域，亦即屬國之人。就此二三千年之歷史看，東北之為中國，與江蘇、福建之為中國又無二致也。」全書分五章：第一章「渤海岸及其聯屬內地上文化之黎明」，第二章「燕秦漢與東北」，第三章「兩漢魏晉之東北郡縣」，第四章「兩漢魏晉之東北屬部」，第五章「漢晉間東北之大事」。此書出版後，曾引起了邵循正、繆鳳林等人的評論，邵文相對持平，謂：「傅書重要結論頗多，有甚精審者，有材料未充者，間亦有可商者」。而繆文語意刻薄，稱「傅君所著，雖僅寥寥數十頁，其缺漏紕繆，殆突破任何出版史籍之紀錄也。」繆文出此惡語，實為當時南（高）北（大）兩大學派衝突、對立的又一例證。在繆文發表前夕，胡適曾有〈評柳詒徵編著《中國文化史》〉一文問世，其中有「柳先生是一位不曾學過近代史學訓練的人，所以他對於史料的估價，材料的整理，都不很謹嚴」數語，這是胡適對《學衡》派數年來各種批評和圍攻的唯一一次回擊。繆鳳林作為柳詒徵的學生，起身批評傅文，自然有為其師報復之意；身兼《大公報‧文學副刊》主編的吳宓連篇累牘地刊登繆文，明顯寓有聲援之意。從歷史的關係看，柳詒徵為鼓吹國粹主義的晚清名宿繆荃孫的學生，胡、傅與柳、繆之間的衝突實在是二十年代以來以護舊著稱的南京高等師範學校（1922年併入東南大學）與以求新揚名的北京大學兩大營壘之間鬥爭的繼續。然細讀胡文，雖不乏義氣用詞，仍不失為一篇有足夠分量的學術評論。而繆文惡語相譏，完全失去了學術的平和態度。尤其是在有關東北史這樣一個有關國家、民族尊嚴，當時尚屬敏感問題上，如此發難，實在是令親者痛，仇者快的不當之舉。對繆文傅斯年初擬作回覆，後終放棄未作答，實以沉默作為更有力的回應。刊登繆文的《大公報‧文學副刊》不久迅即停刊，其中原因應與它的辦刊傾向招致各方面不滿有關。顧頡剛作《當代中國史學》時，提請人們注意「日人為了侵略我國東北，對於我國東北邊疆史地的研究，近年來真是不遺餘力」，出版《東北史綱》自應視為一項緊迫的政治需要。而《東北史綱》作為東北地方史研究的開山之作，對喚起中國學者趕快進入這一領域不啻有警鐘的作用。至於《東北史綱》一書的著作權，後來又有種種猜疑和誤傳，其實民國二十一年度史語所工作報告早已載明為傅斯年所作。
《史記》研究：1919年1月傅斯年發表了書評〈清梁玉繩著《史記志疑》〉，對清代梁玉繩所著《史記志疑》，他的評斷是「中國人之通病，在乎信所不敢信，此書獨能疑所不當疑」。受今文學派「懷疑」風氣的影響，他還是以為「疑古」勝於「信古」，「若《史記志疑》者原非創造之才，獨此過疑之精神誠哉不可沒也。姚際恒《古今偽書考》一書，不偽者亦偽之；然較之偽者亦不偽之，度量相越，不可以道裡計其短長也。」因為「學術之用，始於疑而終於信，不疑無以見信。」所以他還是肯定「是書之長，在於敢於疑古，詳於辯證。其短則浮詞充盈，有甚無謂者。又見其細不見其大，能逐條疑之，不能括全體為言。」對此書的優長與缺陷甚為明晰。文末他讚揚崔適的〈《史記》探源〉「視此進一等矣」，這篇書評明顯留有今文學派影響的痕跡，這大概是傅斯年聽完崔適一課後的心得。
傅斯年後來所作〈《史記》研究〉對《史記》本身有進一步的探討，他指出《史記》不是一部容易研究的書，其理由有三：一、司馬遷作《史記》百三十篇，「本未必已寫定本」，後經無數次轉改，「現在竟成古籍中最紊亂者」；二、司馬遷所據引各書，「無不成有問題者」，「今只有互校互訂，以長時間，略尋出若干端緒」。三、整理《史記》「需用若干專門知識」，「不僅辨章史事，考訂章句而已」。他以為司馬遷「非古史學家乃今史學家」。《史記》之卓越處在於「整齊殊國紀年」，「作為八書」，「疑疑亦信」。傅斯年的這些觀點，為人們重新研究《史記》指明了新的路徑。1948年史語所購到宋刊本《史記》，他據此本作〈北宋刊南宋補刊十行本《史記集解》跋〉；又因為中央圖書館所藏的《後漢書》與此相關，複作〈《後漢書》殘本跋〉一文，對兩種版本作了細緻的考訂。
傅斯年讀書有「博而寡約」的傾向，其治學涉及面亦廣。他涉獵的學科，文、史、哲均有；跨越的時段，以上古、秦漢、明清三段為強，尤其是在上古史研究領域，他在新材料的佔有和學術素養方面的積累，均佔有優勢，其成果處於該領域的領先地位。惜因繁忙的行政工作和時局的動盪不定，傅斯年的學術研究工作時間受到極大的限制，擬定的學術計畫常常只能暫時擱置。他的很多設想，未能形成最終成果，現有的著作，刊行的僅為其中一部分，許多尚是手稿、殘稿、講稿，給後人留下了很多的遺憾。加上天不假年，壯年中折，他個人的學術研究成了一項未竟的遺業，提及這一點，李濟沉痛地說，傅斯年的個人風格頗類似於法國啟蒙運動的大師伏爾泰，兩人「在反對愚昧一點，的確相像。最可惜的是伏爾泰活到八十四歲，把他要寫的都寫完了，但孟真只活到五十四歲就死了。他滿肚子的學問，滿肚子的見解，正在成熟的時候，正在開始寫的時候，忽然死去，真是最可傷心的事，不可補償的損失。」因學人生命的夭折而出現的頓挫，這樣的現象曾經出現在王國維、徐志摩、劉半農、丁文江等人身上。當傅斯年猝逝時，台港學界震驚不已，陷入巨大的悲痛之中。身在內地的陳寅恪亦賦詩悼傅，以傅青主、「海外王」喻之，足見傅斯年在這位史壇大師心中的分量之重！
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