蔡元培關於教育體制改革的一個根本主張為「教育獨立」。他認為解決舊教育體制存留的種種弊端，其根本之途在於「教育獨立」。蔡先生明確表述這一看法或者提出這一主張是在1922年發表的〈教育獨立議〉一文中，但「教育獨立」思想不能簡單視之為蔡先生20世紀20年代用以解救當時教育危機所提出的一種權宜之計，而是他促使中國教育從傳統向現代轉型的根本思想。它在蔡先生的教育思想中佔有突出的位置，是其作為一個民主主義教育思想家的特質所在。在相當長一段時間，由於蔡先生提出的「教育獨立」，因為歷史條件的限制，未達其初衷。故人們對它在中國教育現代化中所發揮的建設性作用，缺乏積極的評價，致使「教育獨立」蒙上了灰色的色彩，成了悲劇的終結。因而如何重新闡釋蔡先生的「教育獨立」思想？如何估價「教育獨立」在中國教育從傳統向現代轉型的歷史作用？已成為時代逼促我們思考的一項課題。歷史是一個過程，有些思想命題因其時代意義的枯竭，將隨著歷史風雲而消逝。有些歷史議題還未充分展開，可能因種種條件的限制，暫時消沉在歷史長河的底層；然而潮來潮往，大浪淘沙，新的歷史契機又會啟迪我們去思考那些過去來不及消化的思想命題。「教育獨立」這一為蔡先生及其本世紀上半期好幾代知識份子為之焦慮和追尋的理念，即可作如是觀。
蔡先生的「教育獨立」思想有一個發展過程。從他出任南京臨時政府教育總長時，發表〈對於新教育之意見〉，到他就任北大校長時發表的就職演講、《北京大學月刊》發刊詞和〈教育獨立議〉等文；再到他提出建立大學院，提出〈教育經費獨立案〉；我們可以看出，「教育獨立」實際上是貫穿其教育思想和實踐的一條紅線。
民國初年，蔡先生在談及辦新教育的意見時說：
教育有二大別：曰隸屬於政治者，曰超軼乎政治者。專制時代（兼立憲而含專制性質者言之），教育家循政府之方針以標準教育，常為純粹之隸屬政治者。共和時代，教育家得立於人民之地位以定標準，乃得有超軼政治之教育。
明確指出共和時代的新教育應「超軼乎政治」。為什麼要將教育從政治的依附中解脫出來？這是因為教育與政治的職責迥異。「以現世幸福為鵠的者，政治家也；教育家則否。」蔡元培區別了政治和教育的各自範圍：
蓋世界有二方面，如一紙之有表裏：一為現象，一為實體。現象世界之事為政治，故以造成現世幸福為鵠的；實體世界之事為宗教，故以擺脫現世幸福為作用。而教育者，則立於現象世界，而有事於實體世界者也。故以實體世界之觀念為其究竟之大目的，而以現象世界之幸福為其達於實體觀念之作用。
正是本著這一思想，蔡元培對前清的教育方針作了重大修正，以謀求建立新的具有獨立性質的教育體制。
在機構設置上，蔡先生的改造之途是「擬先將中學以上官、公、私立學校，嚴加歸併，裁汰冗員，嚴定章程，以便早日開學。國家無論如何支絀，教育費萬難減少。」在人事安排上，蔡先生打破黨派成見，邀請共和黨人范源廉任教育次長。他對范說：
現在是國家教育創制的開始，要撇開個人的偏見、黨派的立場，給教育立一個統一的智慧的百年大計。國民黨裏並不是尋不出一個次長，……我之敢於向您提出這個請求，是相信您會看重國家的利益越過了黨派的利益和個人的得失以上的。
在課程設置上，蔡元培本人雖尊崇孔子，但他不主張保留經科。「舊學自應保全。惟經科不另立為一科，如《詩經》應歸入文科，《尚書》、《左傳》應歸入史科也。」從古至近，中國人有自大自棄一弊，「普通教育廢止讀經，大學校廢經科，而以經科分入文科之哲學、史學、文學三門，是破除自大舊習之一端。」在教育方針上，他向參議院宣佈政見之演說中，談及教育方針時也表現了純正教育家的態度。教育方針「應分為二：一普通，一專門。在普通教育，務順應時勢，養成共和國民健全之人格。在專門教育，務養成學問神聖之風習。」表明了一個純粹、超然的教育家的立場。
與范源廉先生重視普通教育的傾向有別，蔡先生的興趣「偏於高等教育」，這時期他在這方面最有成效的一項工作是制定了具有法律效應的《大學令》，這項法令不太為人們所注重，實際上它包含了蔡先生建立現代大學制度的基本思路和主張，故蔡先生一再向人們強調這份法令為他所起草，其中緣由正是基於此。它規定：「大學以教授高深學術，養成碩學閎材，應國家需要為宗旨」；大學以文、理為主，大學改八科為七科，廢止經科；設大學院以鼓勵研究；設評議會、教授會，構建大學民主管理體制。所有這些舉措，均在凸顯教育自身的主體地位和獨立性質，從而使教育適應新的民主共和政體，走上科學化、專業化的道路。
民國時期，蔡元培主持教育行政工作主要有三段時期：一是民國初年擔任南京臨時政府和唐紹儀內閣的教育總長；二是應范源廉之約請，出任北大校長；三是擔任南京國民政府大學院院長。民初這一段，蔡先生任期太短，其改革大學教育體制的種種舉措中以廢經科和頒佈《大學令》最為引人注目。蔡先生「居北大校長名義，自民6至15年，共十年有半，而實際辦事，不過五年有半。」然而蔡先生正是把握了這一機會，整頓北大，「把北大從一個官僚養成所變為名副其實的最高學府，把死氣沉沉的北大變成一個生動活潑的戰鬥堡壘。」正因為如此，蔡先生對北大的改革成為人們樂道的一大事功，胡適將其定位為「北京大學的蔡元培時代」或北大的「革新時期」。國民黨在南京建立政權後，蔡先生以為有機會將其多年所懷抱的宏願付諸實施，然未料自己的主張與國民黨的「黨化教育」方針大相抵觸，大學院制的試驗遭到了失敗，蔡先生心灰意冷，辭去大學院院長一職，「離大學院後，專任研究院院長，與教育界雖非無間接的關係，但對於教育行政，不復參與了。」
蔡元培先生主長北大，造就了北大濃厚的學術氣氛和別具一格的學統。有關蔡元培在北大的工作成績，蔡先生本人在〈我在北京大學的經歷〉（1934年1月1日）、〈整頓北京大學的經過〉（1936年2月16日）、〈我在教育界的經驗〉（1937年12月）等文中作了明白交待。後人也在這方面留有諸多研究成果。在此，我想要強調的是，蔡元培當時在北大的改革從確立現代意義的大學教育體制的角度來說，尤具示範意義，其表現約有數端：
（一） 闡明大學教育的宗旨在於培養學術人才，而非變成升官發財之門梯。故學生之志趣必以鑽研學術為指向，教師聘用也應視其才學為原則，這是對京師大學堂所積官僚舊習的一次重大改革。
早在1906年，蔡先生在北京大學的前身京師大學堂譯學館擔任教員時，「就知道北京學生的習慣，他們平日對於學問上並沒有什麼興會，只要年限滿後，可以得到一張畢業文憑，便算功德完滿了。尤其北京大學的學生，是從京師大學堂『老爺』式學生嬗繼下來。他們的目的，不但在畢業，而尤注重在畢業以後的出路。」造成北大學生怠於求學的原因是「因初辦時（稱京師大學堂）設仕學、師範等館，所收的學生，都是京官。後來雖逐漸演變，而官僚的習氣，不能洗盡。學生對於專任教員，不甚歡迎，較為認真的，且被反對。……這就是著名腐敗的總因。」故蔡先生上任後，感到「第一要改革的是學生的觀念」。他在致好友吳稚暉信中提出了自己的救治之途：
大約大學之所以不滿人意者，一在學課之凌雜，二在風紀之敗壞。救第一弊，在延聘純粹之學問家，一面教授，一面與學生共同研究，以改造大學為純粹研究學問之機關。救第二弊，在延聘學生之模範人物，以整飭學風。
蔡先生在《就任北京大學校長之演說》中提出改造北大的三項要求：「一曰抱定宗旨」，「二曰砥礪德行」，「三曰敬愛師友」。揭破「大學學生，當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財之階梯」的旨意。他說：「外人每指摘本校之腐敗，以求學於此者，皆有做官發財思想，故畢業預科者，多入法科，入文科者甚少，入理科者尤少，蓋以法科為干祿之終南捷徑也。」而「大學者，研究高深學問者也。」「若徒志在做官發財，宗旨既乖，趨向自異」。為改進學風，他計畫首先要辦的二事「一曰改良講義」、「二曰添購書籍」。
為培養校內的學術空氣，蔡先生在教員聘請方面，延聘學有專長者來校任教，辭退舊教員中濫竽充數者；為保證教學質量和改善教員的結構，他做出了六條特別規定：「（一）本校專任教員，不得兼他校教科；（二）本校教員授課以二十小時為度；（三）教員中有為官吏者，不得為本校專任教員；（四）本校兼任教員，如在他校兼任教員，如在他校兼任教科者，須將擔任鐘點報告本校；（五）兼任教員，如在本校任課十二小時者，兼任他校教科鐘點，不得逾八小時以上；（六）教員請假過多，本校得扣其薪金或辭退。」這六條中，特別是第三條，即「教員中有為官吏者，不得為本校專任教員」對舊的官僚習氣是致命的一擊。按照這一成規，如在教育部任職的魯迅先生，在北京政府擔任財政總長的羅文幹，因在政府部門任職，故均只被聘為北大的兼任講師。
提高教學質量的另一個舉措是創建研究所，為師生提供進一步研修的學術機構。實行選科制，培養學生對所學專業和課程的興趣。創辦各種刊物，諸如《北京大學日刊》、《北京大學月刊》、《國學季刊》等；傅斯年等新潮社成員創辦《新潮》，蔡先生從北大年度4萬元的經費中撥出2千元資助，為師生發表學術研究成果提供園地。鼓勵創辦社團，開展健康有益的活動。通過這些舉措，校園的學術空氣逐漸濃厚起來。
（二） 為發展學術，給學術研究提供廣闊的空間，特別提出「相容並包，思想自由」的原則。
大學者，「囊括大典，網羅眾家」之學府也。《禮記‧中庸》曰：「萬物並育而不相害，道並行而不相悖。」足以形容之。如人身然，官體之有左右也，呼吸之有出入也，骨肉之有剛柔也，若相反而實相成。各國大學，哲學之唯心論與唯物論，文學、美術之理想派與寫實派，計學之干涉論與放任論，倫理學之動機論與功利論，宇宙論之樂天派與厭世觀，常樊然並峙於其中，此思想自由之通則，而大學之所以為大也。
這是蔡先生的一段名言，也是他治理北大的指導思想。正是本著這樣一種精神，蔡先生對各種思想、各種主義、各種見解都取一種包容的態度，使北大成為新思想的生長地和外來思潮的主要輸入者。
校外守舊派對北大洶湧澎湃的新思潮極度恐慌，其輿論陣地《公言報》刊文攻擊，蔡先生撰文〈致《公言報》函並答林琴南函〉，作了有力的回應，重申：
對於學說，仿世界各大學通例，循「思想自由」原則，取相容並包主義，……無論為何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之運命者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展。
北洋軍閥政府視北大這一新文化運動的搖籃為眼中釘，將各種新思潮看成是「洪水猛獸」，多次通過各種途徑向蔡先生施壓，蔡先生針鋒相對地回擊道：「我以為用洪水來比新思潮，很有幾分相像。……對付新思潮，也要捨湮法，用導法，讓他自由發展，定是有利無害的。」「至於猛獸，恰好作軍閥的寫照。……現在天津、北京的軍人，受了要人的指使，亂打愛國的青年，豈不明明是猛獸的派頭麼？」蔡先生以校長的身份保護校內的新思想，故人們稱蔡先生是新文化運動的保護人。一般人注意到，蔡先生用人是容納新舊，其實細究起來，他是容舊納新。中國是一個傳統勢力根深蒂固的國度，北大在此前也是一個充滿腐臭味的「官僚養成所」，容舊並不難，納新則不易，蔡先生的可貴之處正在於此。
最有意思的是，當1919年3月18日《公言報》刊文〈請看北京學界思潮變遷之近狀〉，將矛頭直指蔡元培和北大的新派代表陳獨秀、胡適時，最快做出反應，起而為蔡先生辯護者竟是以「昌明中國固有之學術」為宗旨的國故社和被視為舊學術重鎮的劉師培，這也說明了蔡元培這一舉措在校內深入人心的一面。
（三）在校內實施「教授治校」的民主管理體制。
早在《大學令》中，蔡先生已設想對大學的組織結構進行改革，設立評議會、教授會等機構，實施對大學進行民主化管理。進入北大，蔡先生即感受到北大原有體制具有獨斷的性質，對此，他有一段說明：「我初到北京大學，就知道以前的辦法是，一切校務都由校長與學監主任、庶務主任少數人辦理，並學長也沒有與聞的。我以為不妥。」故他決心對北大的體制進行調整和改革，其措施包括：建立評議會，它由各科學長和教授中選出的評議員組成，一年一選，「給多數教授的代表議決立法方面的事」。恢復學長許可權，給他們分任行政方面的事。組織各門教授會（後改為各系教授會），由各門教授會會員（講師、教授者均具資格）選舉，任期二年，「由各教授與所公舉的教授會主任分任教務」。廢門設系，原各門學長由校長任命，他只對校長負責，現在系主任由各系教授互選。設立教務處，由各教授會主任組成，從中推選教務長一人，協助校長管理全校教務，任期一年。設立行政會議，作為全校最高行政機構和執行機構，其成員以教授為限，下設十一個專門委員會分管各方面行政事務，校長有權指定各專門委員會的成員。行政會與教授會共同組建「雙重的行政管理體制」。設立總務處，總務長主管學校的人事與財務。所有這些組合在一起，即是時人所稱道的北京大學「教授治校」制。實施這套制度，其目的是為了發揮教師的積極性，保證學校工作在民主管理的機制下正常進行。
蔡先生所建立的這套體制，對北大以後的發展產生了極為重要的影響。有這麼一段材料可以說明這一制度的成效，1923年1月17日，為抗議北京政府教育總長彭允彝干涉司法獨立，蹂躪人權的卑劣行徑，向總統府提出辭呈。蔡先生離京後，北京政府有意安插親信入長北大，北大師生群起抵制，胡適發表〈蔡元培與北京教育界〉一文，稱：
北京大學的校長是斷不可隨便任命的。今日的北京大學，有評議會和教授會可以維持秩序；蔡先生就不回來，這種「教授治校」的制度是可以維持下去的，此時國中絕無可以繼任蔡先生之人；現政府的夾袋中自然更沒有可以做北大校長的人了。如果政府倒行逆施的硬要派一個新校長來，──如民國八年徐世昌派胡仁源的故事，──我們可以預料全國（不但北大）一定要反抗的。
這一段話清楚地表明了「教授治校」的制度在北大的效用，即不因一人的去留影響學校的大政方針和校務運轉。顧孟餘後來述及此制時說：
先生長北大數年，以政治環境關係，在校之時少，而離校之時多，離校之時，校務不但不陷停頓，且能依計畫以進行者，則以先生已樹立評議會及各種委員會之制度。此制度之精神，在以教授治理校務，用民治制度，決定政策，以分工方法，處理各種興革事宜，然而非校長之清公雅量，則此制度不克成立；非師生絕對信賴校長，此制度不易推行也。
（四）調整北大學科，確立以文、理兩科為重點的發展方向。
關於大學的學科設置，蔡先生有一基本的看法：
學與術雖關係至為密切，而習之者旨趣不同。文、理，學也。雖亦有間接之應用，而治此者以研究真理為的，終身以之。所兼營者，不過教授著述之業，不出學理範圍。法、商、醫、工，術也。直接應用，治此者雖亦可有永久研究之興趣，而及一程度，不可不服務於社會；轉以服務時之所經驗，促其術之進步。與治學者之極深研幾，不相侔也。鄙人初意以學為基本，術為支幹，不可不求其相應。
故蔡先生強調基礎學科的建設，前此其所制訂的《大學令》第三條規定「大學以文、理二科為主」。北大原有文、理、法、商、工五科並立，學生為謀求仕途，都願選擇法科，文理科門庭冷落。馮友蘭先生述及他報考北大時，曾詳細說明這一情形。蔡先生原設想：（一）擴充文、理兩科，（二）法科預備獨立，（三）商科歸併法科，（四）截止辦工科，（五）改革預科。實際推行者有（一）、（三）、（四）、（五）項。蔡先生還主張打破各科界限，廢科設系，推行選科制。蔡先生這種以文、理科為主，重視基礎學科研究的構想對北大以後的學科建設影響深遠，北大學科的發展基本上沿用了蔡先生指定的這一方向。
此外，蔡先生還推行男女同校，倡導平民教育，實行開門辦學，這些都為北大擺脫傳統的那種貴族式教育，走上一條健康的現代大學教育之路鋪墊了基礎。
蔡先生在北大的改革，從根本上說是為了確立現代大學教育制度。京師大學堂「自開辦至民元，十數年中經過好多波折。這個時期，學校的制度大概是模仿日本的。」開辦之初，學校方針取「中學為體，西學為用」，所教所學偏於舊學。民元以後，將經科併入文科，學長全用西洋留學生，「大有完全棄舊之概」，然舊之官僚習氣依然濃厚。蔡先生全面整頓北大，不僅是洗蕩了學校的舊習氣，而且取法歐美的大學辦學方法，建立了具有現代意義的大學體制。
蔡先生在北大的改革之所以取得引人矚目的成效，從校外環境看，袁世凱倒斃後，北京政府人事格局發生變化，政派林立，軍閥割據，一般來說，人們將這一政府定性為反動政府，並不為過。但范源廉、傅增湘、湯爾和等開明人士先後出任教育總長，這給蔡元培在北大的改革造成了一個機會。從校內環境看，北大的教員在文化思想上雖存新舊之分，但對學術是認同的；他們在學術上雖各有所長，各有所見，但在思想上對學術獨立、思想自由的治校方針也是擁護的。故在五四運動中，出現了校內新舊兩派教員聯手挽蔡驅胡的情形。蔡先生主長北大後，北大教員構成明顯發生了變化。一是教員的年齡結構明顯偏於年輕化，據統計，1918年北大教授90名，從其中76名的年齡看，35歲以下者43人，占56.6%，50歲以上者僅6人，占7.9%，最年輕的教授徐寶璜只有25歲，這些年輕教員富有朝氣和進取精神。二是具有同盟會、國民黨政治背景或與之關係密切的人逐漸滲入，被一般人認為是舊派代表的黃侃、梁漱溟，辛亥革命時期為同盟會員；劉師培雖有支持帝制之醜行，進入北大後專治中古文學，與蔡元培、錢玄同私交不錯。三是從國外留學歸來者所占比重增大，文科新派陣營中的主要成員，如陳獨秀、胡適、錢玄同、周作人、李大釗等均系從國外學成歸國，他們有一共同點「凡是主張文學革命的人，沒有不同時主張思想自由的，因而為外間守舊者所反對。」可以說，蔡先生對北大的改革在校內具有較好的人事基礎。從蔡元培先生的改革策略看，他是從倡導學術研究和延攬教員入手，通過提升學校的學術氣氛和改變學校教職員的人事結構，大大改善了校園環境，逐步過渡到學校體制的改革，確立了現代教育體制在北大的統治地位。
蔡元培的整頓、改革使北大面貌煥然一新，北大因此「暴得大名」，成為新文化運動的搖籃和五四運動的策源地，成為全國教育界改革的一面旗幟。但我們也應看到，蔡先生在北大的改革畢竟只是局部的改革、個案的改革，這一改革如無整體背景和外部環境的依托和支撐，是難以持久的。事實上，蔡元培的這些改革進展並不順利，其間遇到了許多困難和阻撓，特別是外部環境的壓力，只要看一看蔡先生的幾次辭職即可見出這一點。
1919年5月9日，因「五四」運動，蔡先生辭職離開北大，請看他1919年6月5日發表的〈不肯再任北大校長的宣言〉一文所列舉的理由：
（一）我絕對不能再作那政府任命的校長：為了北京大學校長是簡任職，是半官僚性質，便生出許多官僚的關係，那裏用呈，那裏用咨，天天有一大堆無聊的照例的公牘。要是稍微破點例，就要呈請教育部，候他批准，……我是個痛惡官僚的人，能甘心仰這些官僚的鼻息嗎？（二）我絕對不能再作不自由的大學校長：思想自由，是世界大學的通例……北京大學，向來受思想的拘束，是很不自由的。我進去了，想稍稍開點風氣，請了幾個比較的有點新思想的人，提倡點新的學理，……那知道舊的一方面，看了這半點新的，就像「洪水猛獸」一樣了。又不能用正當的辯論法來辯論，鬼鬼祟祟，想借著強權來干涉。……世界有這種不自由的大學麼？還要我去充這種大學的校長麼？（三）我絕對不能再到北京的學校任校長：北京是個臭蟲巢。無論何等高尚的人物，無論何等高尚的事業，一到北京，便都染了點臭蟲的氣味……難道還要我再去作逐臭之夫，再去嚐嚐這個氣味麼？
顯然，蔡元培已深感在官僚舊勢力的層層阻撓和高壓下，北大的「教育獨立」和思想自由是沒有保障的，而他不願妥協，寧可去高位而不喪失其人格，不墜其青雲之志。
1923年1月7日，為抗議「羅文幹案」，蔡元培第二次辭職離開北大，但在此之前，他曾為教育經費被拖欠一事與北京其他七所國立學校校長聯名辭職。這一次他的辭職書聲明：「不能與主張干涉司法獨立，蹂躪人權之教育當局再生關係，業已呈請總統辭去國立北京大學校長之職。」蔡先生目賭北京政府的黑暗，深覺政治清明無望，教育發展渺茫。在《關於不合作宣言》中，他更是道明：
只見他們一天一天的墮落：議員的投票，看津貼有無；閣員的位置，稟軍閥意旨；法律是舞文的工具；選舉是金錢的決賽；不計是非，只計利害；不要人格，只要權利。這種惡濁的空氣，一天一天的濃厚起來，我實在不能再受了。我們的責任在指導青年，在這種惡濁氣裏面，要替這幾千青年保險，叫他們不致受外界的傳染，我自忖實在沒有這種能力。
顯然，蔡元培這兩次辭職表面上均與外界環境有關，實際上是他的「教育獨立」理想與現實嚴重衝突的一個結果。
蔡元培去職後，北京大學在1926～1928年之間，在北洋軍閥各派的統治、控制和蹂躪之下，已不成其為一所學校。二十年代後期，北大恢復。為鼓勵北大的師生，蔡先生告誡北大人「（一）要去盡虛榮心，而發起自信心」；「（二）要以學術為唯一之目的，而不要想包辦一切」。「一市之中，大學林立；一國之中，大學更林立。北大不過許多大學中的一校，決不宜狃於已住的光榮，妄自尊大。要在有日進無疆的自信心，不憑藉何等地位，而自能嶄然露頭角。」三十年代，經過蔣夢麟、胡適、傅斯年等一批知識精英的努力和撐持，北大迎來了她的中興期，但從蔡先生以來所開創的北大學統和校風，在茫茫黑夜中，只是星星之火，並未在中國形成燎原之勢，中國大學教育的現代化之路可謂任重而道遠。
本文節錄自《五四運動的歷史詮釋》，原作者歐陽哲生。為便於網頁閱讀，本文註釋皆行刪除，不便之處敬請見諒。
