一八九八年章太炎因受戊戌政變失敗的牽連，遭到清廷追緝，十二月五日他從上海來到臺灣。他是經在上海的日本友人《亞東時報》記者山根虎雄的介紹，來到《臺灣日日新報》當漢文部記者，十二月七日，該報上就刊登報導說：「此次本社添聘浙江文士章炳麟，號枚叔，經於昨日從上海買棹安抵臺灣，現已入社整頓寓廬矣。」章太炎當時是住在艋舺（今萬華）的「剝皮寮」，它位於老松國小校園的南側，就在今萬華區廣州街、康定路和昆明街所包圍的古老街區。根據艋舺地契資料記載，「剝皮寮」地名，最早出現於清嘉慶四年（1799年），當時稱為「福皮寮」，清道光十八年至清末，這條街稱為「福地寮」，日治時期改為「北地寮街」，臺灣光復之後才出現「剝皮寮」的名稱。
剝皮寮章太炎故居
《臺灣日日新報》創刊於一八九八年五月六日，是由日人守屋善兵衛，在時任臺灣總督兒玉源太郎的協助之下，併購《臺灣新報》及《臺灣日報》而成，章太炎來臺時，該報才創刊不久。由木下新三郎擔任主筆，而日本文壇著名漢文詩人籾山衣洲出任漢文欄主任。該報每日出刊，共有六版，四版日文，兩版漢文。據其同事臺人記者謝汝銓的〈章太炎之行述〉說章太炎「只在家中撰述文稿，寄付揭載，不常登社。」章太炎在臺發表論文計有41篇，詩文評、詩16篇，多數刊在《臺灣日日新報》，是研究章氏早期思想相當重要的資料。這些文章可分為四大類：一是同情康、梁的變法，抨擊慈禧太后為首的清政府；二是對其所學，特別是對佛學與國學的看法；三是與臺、日文人的詩詞唱和；四是針對臺灣所發的議論。
以往的研究者，都以為章太炎在臺灣的言論，是批評日本殖民臺灣，欺壓臺灣人，但其實不然，在他所發表的文章並找不出這樣的言論。章太炎在〈正疆論〉一文，討論臺灣的所有權問題說，若論開國，則始於鄭成功，然後為清所盜，而乙未後割讓給日本。是以「鄭氏之得臺灣也，與日本同」而「滿州之盜臺灣也，與荷蘭同」，因此他寧可日本統治臺灣，也不願滿州統治臺灣。這反映出章氏雖厠身台灣，反滿的漢族民族意識仍甚為急切。
籾山衣洲（1855～1919）
此外，他在臺灣相與唱和的，也都是日人。他在給汪康年的信中提到籾山衣洲、水尾晚翠和館森鴻，是他眼中臺灣文士之最，這三人也與他交情最好。籾山衣洲，名逸也，日本愛知縣三河西尾藩人。幼年時期，向同鄉詩人筒井秋水學習。及長，與森春濤、丹羽花南、水野遵等交遊，聞名於時。後至東京，入成島柳北門下，為《花月新誌》執筆，曾主持《東京朝日新聞》的〈詩壇〉。與森槐南、本田種竹、野口寧齋等於同時期，執東都各詩社之牛耳。特別是其漢文佳，與依田學海、信夫恕軒、杉山三郊等人齊名。有《明治詩話》等著述。一八九八年以《臺灣日日新報》漢文主筆的身份被招募來臺，受到總督兒玉的寵信，得到寄居於總督別莊「南菜園」（按：今已不存，舊址為今和平西路、南昌街的南昌公園。）的特殊禮遇。其詩最初仿效清初詩風，中年以後綜採各時代名家之長，純情婉麗又帶沉痛蒼古之味，開拓了高蹈獨特的詩境。
館森鴻（1863～1942）為日本仙臺人。先拜師於岡鹿門，後又投身於重野成齋門下，善經學。經同鄉木村匡介紹於一八九五年十月來臺，先擔任中學教師，後又師事於後藤新平。在臺期間分別任職秘書以及學務，並且與中村櫻溪、加藤雪窻、章太炎等人交往甚密，與加藤雪窻成立玉山吟社、小泉盜泉合創淡社，參加如蘭社、不鳴會。館森鴻對章太炎十分敬佩，他曾寫道：「杭州章君枚叔高才能文，與余相善。去年冬，載書數車入臺疆，乃以文字訂交。每相見，輒問難經義，評騭文章，縱談時事，神王興至，逸岩激越，投筆起舞，恢哉有國士風。」
總督兒玉認為︰要統治臺灣不能單靠軍人與官僚；一定要讓島民的精英，與日本人步調相合；故必要調整「報紙媒體的政策」。另一方面，要指導「本島人」，是必也要有寫「漢文」的報紙。當時能寫「漢文」者，有日下欽二郎、館森鴻，還有宮崎來城、市村藏雪樓。這些人不只是單純的文士，還是總督府倚重的文官。館森鴻自乙未割臺後便在臺灣，為總督府的文告捉刀，受水野遵與後藤新平的信任。水尾晚翠則是法院院長，籾山衣洲則深得兒玉總督的倚重。他們三人與總督府的關係都算十分親密，而由於他們都通曉漢文，實際上也擔任收編臺灣知識份子的工作。
石坂莊作（1870～1940）
另外還有石坂莊作，號圖南，日本群馬縣吾妻郡原町人，弱冠時擔任小學老師，後從軍，一八九六年隨軍抵臺，隨即深入東臺灣各地並全臺走透透，完成他業餘的考古人類學與臺灣文史的研究。一八九八年初離開臺南柳營到《臺灣日報》擔任會計暨庶務主任，《臺灣日日新報》創立後任會計主任。石坂莊作的《臺島踏查實記》一八九九年三月要出版時，章太炎替他寫了序文，但當時已刻印好來不及加上序，只印了章寫的一首律詩云：「一卷虞衡志，聯綿到海潯，朝廷終北極，蟲鳥尚南音；此影丹陬合，帆痕赤緊深，蜒方今一族，不必責蠻琛。」後來章太炎要離開臺北去日本時，他應石坂莊作書寫了一張扇面，就把這序寫在扇面上。一九０四年一月十一日《臺島踏查實記》第二版付梓時已補上章太炎的序文，而扇面的原手跡，一直到一九三六年章太炎病逝蘇州時，石坂莊作才將這珍藏三十多年的扇面墨寶製版刊登於《臺灣日日新報》上。
謝汝銓（1871～1953）
在《臺灣日日新報》還有臺灣人的同事，分別是謝汝銓和李逸濤。謝汝銓字雪漁，號奎府樓主，臺灣臺南人，日據後遷居臺北市。少從蔡國琳學。光緒十八年（1892）生員（臺南末代秀才）。乙未之役，曾佐許南英辦團練以抗日。日據後任職於總督府學務課，旋任教於警察官吏練習所。《臺灣日日新報》創刊，任記者。他在〈章太炎之行述〉說：「同事中有李逸濤年紀較輕，與太炎最為相得。一日，章太炎到逸濤家中，看見逸濤正在讀《漢書》，乃詢問逸濤何以到了這般大的年紀才讀《漢書》呢？太炎自謂他在童年早已讀完。如不信的話，可以由其隨便指定何篇，太炎執筆寫了數百字與原書核對無誤。從此，逸濤對於太炎更加敬佩！」李逸濤（1876～1921），原名李書，臺北人。幼從邱亦芝學習漢文，博覽金石，尤通史漢。而後為《臺灣新報》所聘，擔任記者，期間與社長守屋善兵衛、漢文部主筆日下峰蓮、阪部春灯交好，在玉山吟社時有所發表、唱和。此外，與臺灣大型詩社的互動也不在少數。李逸濤亦具備日文的閱讀能力，他的翻譯文章於《臺灣日日新報》上時有所見。他是日治時期漢文人、通俗小說家、新聞記者，亦書寫偵探小說。
章太炎
章太炎在臺灣半年後，由於他不能適應臺灣的氣候和個人的感受等因素而離臺。他在《自定年譜》中說：「臺灣氣候蒸濕，少士大夫，處之半載，意興都盡。」又在〈旅西京記〉說：「歲在己亥，余旅食臺灣，不怡于眾，東詣日本。」謝汝銓在談到章太炎離職的原因說：「太炎又對於日本治臺政策，每恣意攻擊，……一日撰論，抨擊督府官僚，擅作威福，壓制人民。……遂與夫人束裝回國。」然就當時章太炎對總督府的態度及細閱當時所發表的作品，謝氏的說法，似乎失之臆測。湯志鈞的《章太炎傳》則認為，當時日本政府妥協於清廷的壓力，對章氏同情康、梁，同情變法，撰文批評清廷，為該報所不容，受到社長守屋善兵衛打壓而辭職。此一說法，似較合理。據說，被總督大人訓得灰頭土臉的守屋社長，一回到報社，就命人去叫章太炎來見他，章太炎便拿起筆來寫了一張便箋，讓來人帶去，便箋上說，你不知道，我要去你那兒就是趨慕你的權勢，你自己到我這裏來，才說明你還懂得尊重我們這樣的人嗎？要來你自己來吧！守屋見了，氣急敗壞地跑來，對著章太炎大叫大嚷一通：「真沒有想到你這人如此傲慢無理！，且不解事理，真令人忍無可忍。你要不願意在這裏做事，就另請高就吧。」守屋一離開，章太炎乃呶呶說：「什麼善兵衛，簡直就是惡兵衛，你不講禮貌，我就走人，何用你趕我走，哼。」
此時館森鴻勸他仔細考量政治情勢的發展，不要貿然返回中國而受困，乃建議他前往日本參觀訪問。同時梁啟超也來函邀約他到東京共商大計，於是在一八九九年六月十日在館森鴻的陪伴下，他們由基隆搭橫濱丸啟程赴日，這也是章太炎首次踏上扶桑之旅。
